Больничные работникам у ИП на АУСН оплачиваются как обычно: первые 3 дня платит ИП, остальные — Социальный фонд России (СФР) из своих средств. ИП на АУСН, как и другие работодатели, перечисляет взносы на травматизм, но не платит страховые взносы в СФР за сотрудников, однако это не отменяет обязанность платить больничные.
Обоснование:
Работодатель на АУСН не платит страховые взносы за работников. Несмотря на освобождение работодателя от уплаты СВ, работники организаций (ИП) , применяющих АУСН являются такими же застрахованными лицами по обязательному пенсионному страхованию и на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством, как и работники организаций , за которых платят взносы по единому тарифу. Пособия по больничному листу выплачиваются государством за счет средств СФР, компенсируемых из федерального бюджета. Размеры пенсий и пособий зависят от сумм заработка, сведения о которых поступают в СФР от банков через ФНС.
При открытии ЭЛН работодателю поступит уведомление об этом и запрос на предоставление сведений для назначения пособия.
ч. 29 ст. 13, Федеральный закон от 29.12.2006 N 255-ФЗ (ред. от 29.09.2025) «Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством» {КонсультантПлюс} «Сведения, необходимые для назначения и выплаты страхового обеспечения застрахованным лицам, занятым у страхователей, применяющих специальный налоговый режим «Автоматизированная упрощенная система налогообложения», для их подтверждения либо уточнения (дополнения) направляются страховщиком страхователю в электронной форме, в том числе через личный кабинет налогоплательщика. Страхователь не позднее трех рабочих дней со дня получения указанных сведений подтверждает либо уточняет (дополняет) их и направляет страховщику уточненные (дополненные) сведения в электронной форме, в том числе через личный кабинет налогоплательщика».
Таким образом, если работодатель применяет специальный налоговый режим «Автоматизированная упрощенная система налогообложения», он получает соответствующие сведения от СФР, после чего в течение трех рабочих дней должен их подтвердить либо направить в СФР уточненные (дополненные) сведения (ч. 8, 29 ст. 13 Закона N 255-ФЗ; п. 7 Правил).

Подборка: Постановление Правительства РФ от 16.12.2017 N 1567 (ред. от 24.12.2022) «Об утверждении Правил информационного взаимодействия страховщика, страхователей, медицинских организаций и федеральных государственных учреждений медико-социальной экспертизы по обмену сведениями в целях формирования листка нетрудоспособности в форме электронного документа» {КонсультантПлюс}ст. 13, 14, Федеральный закон от 29.12.2006 N 255-ФЗ (ред. от 29.09.2025) «Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством» {КонсультантПлюс} Готовое решение: Как рассчитать и выплатить работнику пособие по временной нетрудоспособности (КонсультантПлюс, 2025) {КонсультантПлюс}