Допустим ли, с точки зрения требований ТК РФ и других законодательных актов, факт более низкого уровня оплаты труда главного бухгалтера коммерческой компании, закрепленный штатным расписанием компании, по сравнению с уровнем оплаты труда сотрудников, не являющихся, согласно штатному расписанию, главными специалистами (например «менеджер»)

Если нет особенностей, указанных ниже, то условия оплаты труда главного бухгалтера определяются по соглашению сторон.
В силу ст. 129 и ст. 132 ТК РФ, заработная плата каждого работника зависит от его квалификации, сложности выполняемой работы, количества и качества затраченного труда. Нормы права не содержат запрета на то, чтобы труд специалиста оценивался работодателем выше, чем труд главного бухгалтера.
Согласно ст. 22 ТК РФ, работодатель обязан обеспечивать работникам равную оплату за труд равной ценности. Поскольку главный бухгалтер и менеджер выполняют разные трудовые функции, имеют разные должностные обязанности и критерии эффективности, сравнение их заработной платы необоснованно.
Работодатель не имеет права устанавливать какие-либо дискриминационные условия при установлении заработной платы. Однако, если разница в оплате труда обусловлена объективными факторами, такими как квалификация, сложность выполняемой работы, количество и качество выполненной работы, то это не будет считаться дискриминацией (ст. 3 ТК РФ).
Особенности оплаты труда главного бухгалтера предусмотрены законом лишь для некоторых организаций. Например, если у вас хозяйственное общество и более 50% акций в уставном капитале находится в государственной или муниципальной собственности, в вашем учредительном документе могут быть предусмотрены особые условия оплаты труда главного бухгалтера. Тогда учитывайте их, в том числе при включении таких условий в трудовой договор работника (абз. 5 ч. 2 ст. 57, ч. 1 ст. 145 ТК РФ).
Для остальных организаций особенности оплаты труда главного бухгалтера законом не предусмотрены. В частности, условия оплаты труда такого работника определяются по соглашению сторон. А конкретный размер зарплаты зависит от квалификации работника, сложности выполняемой работы, количества и качества затраченного труда (ч. 1 ст. 132, ч. 4 ст. 145 ТК РФ).
Если главный бухгалтер посчитает такую ситуацию дискриминацией и обратится в суд (на основании ст. 3 ТК РФ), работодателю придется доказать, что более высокий уровень оплаты труда менеджера обусловлен его деловыми качествами, квалификацией или спецификой работы.

Документы: ст. 145, ТК РФ {КонсультантПлюс}; Готовое решение: Какие есть особенности приема на работу по трудовому договору главного бухгалтера (КонсультантПлюс, 2026) {КонсультантПлюс}; Постановление Правительства РФ от 13.02.2023 N 209 (ред. от 23.10.2025) «Об условиях оплаты труда руководителей, их заместителей, главных бухгалтеров и членов коллегиальных исполнительных органов государственных корпораций, государственных компаний, хозяйственных обществ, акции в уставном капитале которых находятся в собственности Российской Федерации, а также о поощрении руководителей, их заместителей, главных бухгалтеров и членов коллегиальных исполнительных органов акционерных обществ, акции в уставном капитале которых находятся в собственности Российской Федерации» (вместе с «Положением об условиях оплаты труда руководителей, их заместителей, главных бухгалтеров и членов коллегиальных исполнительных органов государственных корпораций, государственных компаний, хозяйственных обществ, акции в уставном капитале которых находятся в собственности Российской Федерации, а также о поощрении руководителей, их заместителей, главных бухгалтеров и членов коллегиальных исполнительных органов акционерных обществ, акции в уставном капитале которых находятся в собственности Российской Федерации») {КонсультантПлюс}